医院污水处理设备后生动物（主要指轮虫）在活性污泥中很少出现，仅在处理水质很好的完全氧化型的活性污泥系统中出现（如延时曝气活性污泥系统）。因此，轮虫也具有指示性生物的功能。轮虫的出现，表明水质非常稳定。而且，后生动物也是游离细菌的第二次捕食者。
医院污水处理设备这些微生物群体在活性污泥上组成了一个相对稳定的小小生态系，通过食物链互为利用、互相关联的同时，对污水进行净化。可以说活性污泥法处理系统实质上是自然界水体自净的人工模拟。
医院污水处理设备在活性污泥中，还夹杂着由入流污水挟入的有机和无机的固体物质。在有机性固体物质中，包括一些惰性的，难以被细菌摄取利用的物质。另外，微生物进行氧化分解有机物的同时，还通过内源呼吸进行自身氧化。